本发明涉及光学技术领域，一种短波近红外量子点成像系统，包括激光光路；所述激光光路包括激光器、耦合器、单模光纤、扩束模块；所述激光光路中由所述激光器发出近红外光束通过所述耦合器，导入到所述单模光纤，再经过扩束模块照射到载有样品的载物台上；所述样品被激发的荧光通过滤光片组、成像物镜后到达探测器。本发明采用近红外激光作为光源，照射到小动物体内，激发体内的量子点发出荧光，能快速、高效无损的实时观察活体小动物体内的深层组织、器官和细胞，为将来的肿瘤细胞，干细胞等方面的研究提供了高效的技术支持，而且可以观察近红外波段的其他材料的形貌特征。