本发明公开了一种短小芽孢杆菌、益生菌制剂及其制备方法和应用。短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)LV149于2011年11月23日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC)，保藏编号：CCTCC NO：M 2011411。本发明的短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)LV149具有强的胞外蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶活性，对弧菌具有广泛的抑制性，且不具有溶血活性。以此菌作为发酵菌株，经固态发酵、干燥粉碎制得以短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)LV149作为活性成分的短小芽孢杆菌益生菌制剂，将其添加到对虾饲料中，饲喂对虾，不仅可以起到抑制对虾肠道病原弧菌生长、减少对虾弧菌病的发生，同时促进对虾生长、降低饵料系数、提高商品品质、缩短养殖周期，从而减少养殖风险、降低养殖成本，且生物安全性高，在水产养殖中具有广泛的应用前景。