本发明涉及一种FGFR3单链抗体‐鱼精蛋白融合蛋白及其应用，该蛋白是通过在编码所述FGFR3单链抗体的基因的3’端添加编码截断性鱼精蛋白的基因序列，从而形成融合基因，将该融合基因克隆至原核表达载体并在大肠杆菌细胞中进行诱导表达，然后进行包涵体分离纯化获得。利用该融合蛋白作为核酸运载工具，携带小分子干扰RNA(如siRNA)去攻击相应的FGFR3高表达的各类肿瘤细胞(如白血病干细胞、膀胱癌细胞、乳腺癌细胞等)，通过诱导肿瘤细胞凋亡、生长抑制和分化等，最终起到抑制肿瘤生长、侵袭和转移的作用。