本发明公开了方格星虫人工亲体选育方法。方格星虫食物链级次低，抗逆性强无长距离洄游迁移现象，养殖无需投饵，适合大面积人工养殖。本发明通过亲体的初选优、自然产卵培育、担轮幼虫选优、幼体培育与选优、稚星虫培育与选优、亲体育成和养成亲体再选优的技术措施，在占用较少的资源情况下，实现了方格星虫人工优质亲体选育和批量生产，选育亲体合格率77％-94％，亲体生产的受精卵平均发育变态率为88％，变态存活率48.3％，极大提高方格星虫人工育苗效率，2年滩涂养殖中选育亲体生产的苗种比天然苗种生长快8.3％。本发明在人工控制条件下进行方格星虫亲体选育，时间较短、结果稳定，对方格星虫人工增养殖产业的发展具有极大的促进作用。