本发明公开了一种杂交鹅掌楸LhWOX1基因及其应用，LhWOX1基因的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。LhWOX1基因是SAM发育所必需的报告基因。在SAM的生长发育中，LhWOX1起到了非常重要作用，它与干细胞marker基因CLV3形成了负反馈调节。在杂交鹅掌楸LhWOX1基因过表达的T1代植株中，干细胞的数量增加并存在进一步分化。这对于干细胞以及胚胎发育的研究都具有重要意义。在杂交鹅掌楸的LhWOX1基因过量表达的T1代植株中，植株的主茎发生了不同程度的螺旋化，说明LhWOX1参与维管组织的发育调控网络。可见，杂交鹅掌楸的LhWOX1基因在杂种鹅掌楸育种中将具有广泛的应用。