本发明涉及干细胞分离技术领域，特别涉及一种消化酶组合物及其制剂、应用。该消化酶组合物包括胶原酶I、中性蛋白酶和脱氧核糖核酸酶。本发明提供的消化酶组合物能够高效地从胎盘组织块中分离MSC，提高了胎盘MSC的分离效率；本发明提供的消化酶组合物能够减少对细胞的损伤，从而使细胞活率高，同时具有较强的增殖能力，提高细胞收获量。