本发明公开了尼罗罗非鱼X染色体特异分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，可通用于多种品系的尼罗罗非鱼，基于该分子标记可以经济、快速、准确地进行尼罗罗非鱼遗传性别鉴定，有助于建立超雄鱼YY♂与转化雌鱼YY♀交配生产YY超雄鱼的方法，进而通过YY超雄鱼与正常雌鱼XX♀交配实现全雄鱼鱼苗的规模化生产，显著提高养殖产量，降低养殖成本，提高经济效益。