本发明涉及再生医学领域，是一种磁分离式细胞三维共培养方法。本发明将诱导细胞以及磁介质微粒共同包埋在海藻酸钠微胶囊中，该微胶囊再与包埋有干细胞的海藻酸钙微胶珠在同一体系中进行非接触式三维共培养，利用微胶囊内诱导细胞分泌的可溶性因子对干细胞的定向分化进行调控，在共培养结束后，采用磁场对微胶囊与微胶珠进行分离，并且利用柠檬酸钠溶液可溶解微胶珠，进一步收获纯净的分化细胞。本发明操作简单，成本低，微胶囊和微胶珠可为细胞提供近似体内的三维生长环境，微胶囊膜可使诱导细胞分泌的诱导因子透过微胶囊作用于干细胞，并同时实现不同类型细胞的免疫隔离，磁介质微粒和磁分离装置则有利于诱导细胞和分化后细胞的分离和收获。