本发明公开了一种干细胞抗原-1（Sca1）在治疗动脉粥样硬化中的功能和应用，属于基因的功能与应用领域。本发明以ApoE^-/-小鼠及Sca1^-/-ApoE^-/-小鼠为实验对象，通过高脂饮食诱导获得动脉粥样硬化模型，结果表明与ApoE^-/-小鼠对比，Sca1基因缺陷显著减少了主动脉的斑块面积，增强了主动脉窦斑块的稳定性，显著减轻了炎症反应。这表明Sca1在动脉粥样硬化中的功能主要体现为促进主动脉斑块形成，特别是促进动脉粥样硬化。针对Sca1的上述功能，Sca1可作为药物靶标用于筛选预防、缓解和/或治疗动脉粥样硬化的药物，Sca1的抑制剂可用于制备预防、缓解和/或治疗动脉粥样硬化的药物。