本发明公开了一种骨髓基质干细胞在制备治疗肠神经系统功能缺失或障碍的神经修复材料中的应用。神经修复材料的原料是由骨髓基质干细胞、含有碱性成纤维细胞生长因子的DMEM低糖液体培养基和含有神经胶质细胞源性神经营养因子的胎肠培养基组成，其制备方法是首先将骨髓基质干细胞置于含有碱性成纤维细胞生长因子的DMEM低糖液体培养基中培养得到培养物；然后将培养物置于含有神经胶质细胞源性神经营养因子的胎肠液体培养基中培养；得到神经修复材料。将神经修复材料注入患病受体内，从而促进消化道肠神经系统大量神经再生和胃肠动力的恢复。