本发明涉及一种萱藻全人工育苗技术，其步骤为：（1）种质制备：由当年采集的萱藻种菜制备而成，或由往年保存的种质复苏获得；（2）种质扩增：使用气升式光生物反应器扩增萱藻种质；（3）种质诱导，使萱藻种质产生成熟的单室孢子囊；（4）孢子采苗：刺激单室孢子囊放散孢子，并采孢子于维尼纶与聚氯乙烯混纺的网帘上；（5）幼苗室内培育；（6）海上养殖：采用筏式养殖，经60-80天海上养殖，可育成体长60-100cm，密度为80-120株/厘米苗绳的商品萱藻。本发明可提高萱藻采苗效率，保证商品苗的稳定产量，具有种质利用率高、幼苗附着牢靠、育苗成本低、生产效益好等优点。可广泛应用于萱藻规模化工厂育苗及人工养殖。