本发明公开了一种超顺磁性氧化铁纳米粒子在标记干细胞中的应用。本发明研究发现，通过改变氧化铁纳米粒子表面电荷，使其带正电或0电荷有助于简化其对干细胞的标记程序，并能显著提高标记效率。PEG/PEI修饰的SPIO和PEG/PVP修饰的SPIO，孵育时间为12h，可以相对安全有效的标记大鼠脂肪干细胞ADSCs。本发明的超顺磁性氧化铁纳米粒子效果比商用的超顺磁性氧化铁纳米粒子快速有效，可作为一种优势的新型的磁性标记物用于干细胞示踪成像。