本发明提供了一种应用于骨髓干细胞运动轨迹追踪的细胞标记检测方法，其特征在于采用以下步骤：将荧光染料CFSE溶解于生理盐水中制得CFSE溶液，CFSE溶液中CFSE的浓度为50-100ug/mL；将具有生物活性的大腿骨或小腿骨置于生理环境中使其保持生物活性；采用1mL注射器抽取CFSE溶液，将CFSE溶液注射入大腿骨或小腿骨的骨髓腔中，注射量为50-100μl；在标记后20天内的不同时间段抽取骨髓腔中的骨髓细胞以及生理环境中的液体进行检测。所述的大腿骨与小腿骨均来自于大鼠或小鼠。本发明提供的避免了标记过程中大型、昂贵仪器设备的使用，降低了实验操作的技术要求，简化了操作流程，易于实现。同时，本发明能够有效的检测出骨髓干细胞的运动轨迹。