本发明提供了一种脐带间充质干细胞注射液及其制备方法和应用，所述脐带间充质干细胞注射液包含间充质干细胞和冻存液，所述冻存液包含如下成分：体积百分含量为25-70％的电解质平衡液、按g/mL计的质量体积百分含量为1-10％的羟乙基淀粉130/0.4、按g/mL计的质量体积百分含量为5-20％的三磷酸腺苷二钠氯化镁、体积百分含量为5-20％的临床级DMSO和体积百分含量为1-50％的20％人血白蛋白。本发明制备得到的脐带间充质干细胞注射液无动物血清，安全，冻存复苏后细胞活力强，可用于治疗炎症性肠病，效果好，不产生毒副作用。