本发明提供一种清除海参生长水域底泥中有机污染物的方法，包括耐盐混合红螺菌株的选育，耐盐混合红螺菌株的培养、耐盐混合红螺菌的扩大培养以及耐盐混合红螺菌经过稀释之后应用于养殖海参的水域。在海参生长水域中加入通过本发明方法得到的耐盐混合红螺菌，向海参养殖水域中投入该耐盐混合红螺菌后海参养殖水域中溶解氧的浓度提升20-40％，经过测量得知水底固形物中BOD的量，含量迅速降低了20-40％；同时该耐盐混合红螺菌对水生动物无毒性，对人体无毒副作用，并且有效的改善了海参养殖水域的水域条件，应用方法简单，具有良好的应用前景。