本发明公开了一种抑制间充质干细胞自噬在自身免疫性疾病中的应用。具体而言，本发明涉及间充质干细胞自噬抑制剂的用途，用于制备增强间充质干细胞的免疫抑制能力的组合物；和/或用于制备预防或治疗自身免疫性疾病的药物组合物。本发明还涉及将安全有效量的间充质干细胞自噬抑制剂作为药物组合物的活性成分，并将其用于治疗自身免疫性疾病的方法。本发明抑制间充质干细胞自噬从而增强其免疫抑制功能的方法可应用于治疗自身免疫性疾病，其具有良好的应用前景和经济效益。