本发明提供了一种制备乳腺癌干细胞的方法，其中，所述方法包括鉴定待测乳腺癌细胞标本中是否存在乳腺癌干细胞的步骤：所述步骤包括检测所述待测乳腺癌细胞标本中是否特异表达以下差异蛋白的至少两种：ATP结合框亚家族G成分2、五次跨膜单链糖蛋白PROM1、乙醛脱氢酶-1和磷酸酶与张力蛋白同源物。本发明还提供了制备所述乳腺癌干细胞抗原组合物及其抗肿瘤应用，该抗原组合物负载树突状细胞获得树突状细胞疫苗、制备所述树突状细胞疫苗的试剂盒、以及所述树突状细胞疫苗的抗肿瘤应用。