一种三疣梭子蟹家系选育方法，包括以下步骤：收集我国不同地理群体的三疣梭子蟹构建基础群体，并进行遗传多样性综合评估；不同群体中分别挑选亲蟹，按完全双列杂交模式建立家系，标准化育苗和养殖，计算杂交优势率；利用具有明显杂交优势的交配组合，通过室内人工定向交尾，构建家系，标准化育苗与养殖，通过两次筛选留种家系；将留种家系室内养殖的亲本组已交尾雌蟹进行越冬；次年春天每个家系选择抱卵良好的亲蟹，进行标准化育苗与养殖，利用上述选育方法继续筛选家系；本发明以生长速度、成活率2个指标，进行三疣梭子蟹家系选育，综合评价家系经济性状，选育结果既提高收获时梭子蟹规格，又提高养殖成活率，从而大幅度提高养殖效益，同时避免单一性状选育造成的偏差。