一种利用脐带间充质干细胞获取生物活性蛋白的方法，首先使用Ⅰ型胶原酶短时消化脐带华通氏胶，得到含细胞外基质蛋白和组织块组成的糊状混合物并进行原代培养；然后在填充床式生物反应器内加入“干细胞生长培养基”用于扩增脐带间充质干细胞，当反应器内的细胞融合率达到标准时，添加“蛋白生产培养基”进行连续培养，收集培养液并处理，最终获得生物活性蛋白。本发明利用脐带间充质干细胞获取生物活性蛋白的方法，得到的脐带间充质干细胞纯度高，增殖能力好，缩短了干细胞培养时间；并且得到的生物活性蛋白产量高，质控过程方便，易于规模化生产。干细胞和生物活性蛋白均不含任何动物源性成分，提高了临床应用的安全性。