本发明公开一种水蛭干细胞蛋白活性肽的制备方法，包括菌种和原料的选择、粉碎、保鲜、发酵、过滤、浓缩等步骤。本发明的制备方法，工艺合理、操作简单，在完成水蛭干细胞的剖析基础上，经过微生物发酵处理，生产出的产品质量稳定，收率高，值得推广。