本发明公开了一种可防治兽支原体肺炎的干细胞制剂的制备方法，从初生兽腿骨骨髓中分离兽骨髓间充质干细胞；分离兽骨髓间充质干细胞的亚型细胞BMSC-S3细胞系；建立稳定转染PBD-1基因的BMSC-S3/PBD-1细胞系；PCR检测BMSC-S3/PBD-1细胞表达的基因；细胞免疫荧光化学分析和流式细胞术检测BMSC-S3/PBD-1细胞表达的抗原分子。本发明制备的BMSC-S3/PBD-1细胞稳定表达PBD-1，且具备标准BMSC干细胞特性，将稳定转染PBD-1基因的BMSC-S3/PBD-1细胞通过耳部静脉输注到患支原体肺炎的兽体内，有效剂量为1～5×10⁵/次/kg体重，可以控制兽支原体肺炎疾病；BMSC-S3/PBD-1细胞可以长期在液氮罐中保存，来源有保障，本发明提供的干细胞制剂无耐药性，外源蛋白为兽体特有，无药物残留的风险，应用前景广阔。