本发明涉及产生和扩增人胚胎干细胞衍生的间充质样干细胞/基质细胞的方法。至少部分程度上通过表达低水平的IL-6对这些hES-MSCs进行鉴定。这些细胞可用于预防和治疗T细胞相关的自身免疫性疾病，尤其是多发性硬化症，以及用于将药剂递送通过血脑屏障和血脊髓屏障。还提供选择临床级别hES-MSC的方法以及修饰MSC以产生具有独特生物标记特性的MSC的方法。修饰的MSC可用于治疗各种疾病。