本发明公开了一种检测间充质干细胞分布的方法，包括将雄性动物间充质干细胞移植至雌性动物体内；然后提取基因组DNA并进行定量；以血红蛋白β亚单位基因为内参基因，SRY基因为目的基因，分别设定引物，然后进行定量聚合酶链式反应扩增；通过PCR产物的定量分析可以检测间充质干细胞在体内的分布。本发明开发的检测方法简单，移植前无需标记，不受时间和细胞表型变化的影响，也不受组织类型的限定；稳定性好，对间充质干细胞、机体影响小，检测结果准确，易于推广应用。