本发明公开了一种磁性载体微囊化干细胞及其制备方法，一种磁性载体微囊化干细胞，包括功能性干细胞和包裹功能性干细胞的含有磁性物质的半透膜功能的小球囊组成，所述的磁性物质为亲水性顺磁四氧化三铁纳米粒，所述的半透膜功能的小球囊是由壳聚糖和海藻酸钠制备而成。磁性载体微囊化干细胞可用于干细胞的异体移植治疗或靶向移植治疗，收集的磁性载体微囊化的干细胞经静脉或动脉移植至宿主体内，然后在外加磁场的作用下使干细胞高效率地定位至病变部位发挥作用，同时可利用磁性载体四氧化三铁纳米粒用作磁共振成像造影剂检测治疗效果。本发明有助于将干细胞疗法转化为有效的临床应用治疗。