本发明提供一种应用基因芯片分析牙周膜干细胞向成骨细胞分化的方法，制备牙周膜干细胞得单细胞悬液，从单细胞悬液中分选对数生长期的牙周膜细胞，并采用STRO-1-PE标记，经FACS流式细胞仪分选收集STRO-1阳性细胞即为所需的牙周膜干细胞，接着克隆培养收集到的牙周膜干细胞，待其生长至80％的汇集度时，其中的胰酶也被消化后，即得种子液，将种子液接种在6孔板或者是24孔板中，24小时后改用诱导液培养。本发明通过利用基因芯片分析牙周炎治疗情况，对于检测PDLSC向成骨细胞分化过程中miRNA表达谱的变化，具有深远的意义。