本发明公开了一种检测间充质干细胞体外传代基因组稳定性的方法，由下述步骤组成：（1）原代分离间充质干细胞；（2）对原代分离的间充质干细胞进行短期传代，冻存建库。定义为供者原代传代细胞库；（3）复苏供者原代传代细胞，并对其进行长期传代；（4）提取低代次和高代次脐带间充质干细胞之基因组DNA；（5）采用高通量的生物芯片或测序技术，比较低代次和高代次间充质干细胞基因组DNA的差异；（6）基于高通量分析结果，对供者原代传代细胞基因组稳定性做出评价。本发明可以排除基因组不稳定的间充质干细胞，筛选出基因组稳定的间充质干细胞，增加干细胞临床应用的安全性。