本发明涉及分子生物学领域，本发明公开了一种卵巢癌干细胞疫苗及其的制备方法和用途。肿瘤干细胞对放疗、化疗不敏感，是肿瘤转移、复发的根源。针对肿瘤干细胞的主动免疫治疗，消灭肿瘤的“种子”细胞即肿瘤干细胞，只有这样方能取得较理想的疗效。本发明中CD117+CD44+卵巢癌干细胞疫苗在动物实验中能够提高血清IFN-γ水平，下调TGF-β的表达，增强NK细胞活性，显著降低CD117+CD44+卵巢癌干细胞数量，抑制肿瘤的生长。