本发明涉及一种间充质干细胞的三维共培养诱导方法，包括以下步骤：分别获取间充质干细胞和目的细胞源；将间充质干细胞与含有磁性氧化物包裹于凝胶球A中；将目的细胞源包裹于凝胶球B中；用诱导剂对凝胶球A内的间充质干细胞和凝胶球B中的目的细胞源进行共培养至间充质干细胞转化为目的细胞，然后将凝胶球A和凝胶球B置于磁场中进行分离；其中，磁性氧化物颗粒的直径为1-100nm。本发明不仅能够达到简化分离共培养细胞的目的，而且利用海藻酸胶体的三维空间结构，扩大了间充质干细胞的生长空间，以及与培养液及细胞间的物质信号交流，促进间充质干细胞的生长分化，提高转化率，增强细胞活性。