本发明公开一种干细胞壁龛及其制备方法与应用，属于组织工程领域。该干细胞壁龛的制备方法包括以下步骤：周围支持细胞转染自杀基因；将转染自杀基因的周围支持细胞和凝胶混悬接种在培养容器中；在诱导因素的作用下促进周围支持细胞分泌细胞外基质；待周围支持细胞分泌的细胞外基质相互连接形成三维支架后，启动自杀基因，去除周围支持细胞，得到特异性的干细胞壁龛。本发明获得的干细胞壁龛可以维持干细胞良好的干性，不存在免疫排斥反应，具有良好的生物相容性和降解性，且降解产物对人体无害。