本发明提供一种干细胞培养灌流装置，包括灌流瓶、饲养层细胞培养器、细胞灌流槽和废液瓶，所述待培养细胞灌流瓶瓶口处设置第一滤头和输入管，所述输入管上设置一可显示pH值和控制温度的第一控制器，所述输入管尾端浸入饲养层细胞培养器，通过基底设置半透膜的饲养层细胞培养器连接的第一连接管上设置第二控制器和第一蠕动泵，所述细胞灌流槽两端分别连接第二连接管和第三连接管，所述第二连接管另一端与所述第一蠕动泵相连，所述第三连接管另一端与所述第二蠕动泵相连，所述废液瓶瓶口设置输出管和第二滤头，所述输出管另一端连接所述第二蠕动泵。本发明通过第一控制器和第二控制器的作用，可观察不同温度和pH值变化，控制蠕动泵的速率，同时又可避免因人工观察记录而产生误差数值，通过细胞灌流槽的设备输出，可提高干细胞的培养速率。