本发明提供一种miRNAs在胃癌干细胞中表达谱的分析方法，包括以下步骤：（1）胃癌干细胞的分离与鉴定；（2）胃癌干细胞miRNAs表达谱分析及靶基因预测。本发明采用基因芯片分析胃癌干细胞miRNAs的特异性表达谱，并预测靶基因，该分析方法将推动miRNAs在胃癌干细胞方面的应用，为进一步了解胃癌干细胞本身的分子调控机制以及胃癌干细胞的分子靶向治疗提供新的依据与思路。