本发明公开了紧密连接蛋白家族的Cldn6作为多能干细胞表面标志物的新用途及其用于分离多能干细胞的方法。采用本发明的干细胞表面标志物，可以将干细胞由小鼠畸胎瘤的混合细胞系统中分离纯化出来。表达Cldn6可以有效地判断细胞为干细胞，并用于分离干细胞。本发明的干细胞表面标志物特异性及可应用性强，符合干细胞标志的作用和要求。