本发明涉及一种利用实时荧光定量PCR技术对水产养殖环境沉积物中厌氧氨氧化细菌进行定量的方法，属于环境微生物生态学领域。所述方法包括：沉积物样品DNA的提取和定量，肼氧化还原酶HZO基因特异性引物的PCR扩增，标准质粒的构建，荧光定量PCR扩增和标准曲线的制作。根据检测到的样品Ct值对照标准曲线计算样品中厌氧氨氧化细菌的数量，得到的初始模板基因拷贝数的对数值与Ct值有较好的线性关系，回归系数大于0.99。本发明使用肼氧化还原酶HZO基因对厌氧条件下的氨氧化细菌进行定量分析，克服了现有方法使用16S rRNA基因进行定量的特异性不强、覆盖率低、不准确等缺点，提供了一种高特异性、快速、准确的检测水产养殖环境沉积物中厌氧氨氧化细菌数量的方法。