本发明公开了一种利用三阶段厌氧处理工艺去除畜禽养殖废水中有机砷的方法，是在两相厌氧处理中的产酸相和产甲烷相之间加入由粉煤灰和熟石灰的混合物作为吸附介质的吸附相，形成了去除畜禽养殖废水中有机砷的三阶段厌氧处理工艺，这种处理工艺对有机砷具有很好的去除效果，处理出水中砷的含量低于20μg/L，低于国家废水排放标准，实现了以废治废，利用粉煤灰和熟石灰来吸附和固定有机砷，减小了砷对环境和人类健康的危害，处理后的粉煤灰和熟石灰可以作为建筑材料使用，使固体废弃物得到充分利用。同时可以提高产甲烷菌的活性，增加的反应器运行的稳定性。