本发明涉及收鱼的技术领域，更具体地，涉及一种网箱养殖收鱼系统及应用该系统的收鱼方法。一种网箱养殖收鱼系统，其中，包括收鱼船体、设于收鱼船体内的鱼舱、分别与鱼舱连接的进鱼口和出鱼口，所述的收鱼船体上还设有用于驱动水体流动的驱动系统，驱动系统包括泵、管道、与泵连接且提供动力的动力装置，管道与泵连接；鱼舱内还设有推动鱼游动的推鱼格栅。本发明的系统可实现快速收鱼，而且其工作效率高，减少了传统收鱼的人力消耗，减少了收鱼的时间，十分简洁方便；能大幅增加收鱼过程中鱼类的存活率，其方法步骤简洁，可实现快速收鱼的效果。