本发明提供一种雨生红球藻养殖过程中重金属的控制方法，包括以下步骤：1)将雨生红球藻泥与清洗剂按1∶1～1∶8的质量体积比混合为混合物；2)将步骤1)中所得混合物置于摇床上，清洗1-15h；3)将步骤2)中清洗后的混合物离心，去除上清，收集藻泥；4)再将步骤3)收集的藻泥用水洗2～3次；5)将步骤4)中清洗后的藻泥离心，收集藻泥；6)再将步骤5)中收集的藻泥烘干粉碎，检测其Pb、Cd含量；本发明的方法应用于雨生红球藻粉的生产，可将雨生红球藻粉Pb含量控制在2.0mg/Kg以下，Cd含量控制在0.1mg/Kg以下；经分光光度法检测虾青素含量未受明显影响，经HPLC检测，顺反式虾青素结构均无明显变化。