本发明提供了一种畜牧养殖用高活性益生菌制剂的制备方法，所述五种菌扩繁纯培养物按枯草芽孢杆菌35~45%，双歧杆菌15~25%，啤酒酵母菌20~30%，乳酸杆菌3~9%，光合细菌6~12%的质量百分比，发酵前2h兑成菌种混合液；按米糠30~38%、麦麸25~32%、豆粕6~10%、糖蜜2~5%、水23~29%、糖化酶0.07~0.13%和菌种混合液0.8~1.2%的质量百分比，均匀摊铺在独立封闭的可调温的发酵槽中进行发酵。本发明创造了三段式的菌种扩繁技术，即活化、液体扩繁和固体发酵生产。最大限度地增加了活菌总数量，提高了益生菌制剂产品的稳定性，常温条件下可保存9~12个月。