本发明公开了一种编码海蚯蚓纤溶酶的cDNA序列及其氨基酸序列，分别如序列表中SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示，属于医药生物工程领域。本发明的有益效果是：根据本发明的海蚯蚓纤溶酶的cDNA序列，可以从海蚯蚓的消化道组织中克隆该纤溶酶的编码基因。该编码基因通过基因重组技术，可以在原核表达系统或真核表达系统中获得表达。重组海蚯蚓纤溶酶具有纤维蛋白酶原激活活性，可作为新的基因工程溶栓药物。