本发明公开了一种水产养殖纳米生物水体修复剂及其制备方法，该水产养殖纳米生物水体修复剂包括载体以及附着于载体上的复合菌；其中，以重量百分比计，所述的载体包括：纳米电气石10-70％，纳米二氧化钛10-70％，改性沸石10-70％，蒙脱石10-50％；所述的复合菌包括光合细菌、反硝化细菌、硝化细菌和聚磷菌。本发明的水产养殖纳米生物水体修复剂经济环保、制备简便；天然矿物材料的吸附特性与微生物的降解特性协同，能高效吸附、降解水体中的有机物，对水质的修复效率较高；且微生物在高效分解氨氮、硫化氢等有害物质的同时，还能提高水体溶氧，其自身繁殖能为水产动物提供优质饵料，不会对水体造成二次污染。