本发明公开了一种ApoB100酵母重组疫苗及其制备方法和应用，该酵母重组疫苗以酵母作为宿主细胞，转染包含ApoB100基因片段的真核表达载体；所述的ApoB100基因片段的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示，所述的真核表达载体为JMB88-HA-OVA-hApoB100。该酵母重组疫苗通过口服的方式饲喂，能够在酵母中被硫酸铜诱导下表达OVA-hApoB融合蛋白，并在体内被裂解释放，经过抗原呈递引起集体的体液和细胞免疫反应，达到缓解和治疗动脉粥样硬化的目的，可应用于动脉粥样硬化的药物的制备。