本发明提供一种乙型肝炎病毒（HBV）复制中间体核心颗粒DNA的新的提取方法。本方法利用抗原抗体特异性结合的原理，以免疫共沉淀的方法从转染HBV基因组的HepG2细胞中纯化核心颗粒，洗涤后裂解核心颗粒，释放其中的复制型HBV？DNA。该方法较传统方法更敏感特异且简便易行，尤其是有效解决了DNA酶难于彻底消化外源转染的HBV基因组的难题，完全消除了残余HBV片段对核心颗粒复制型HBV？DNA检测的干扰。本方法可应用于分析各种HBV变异株的复制力及药物敏感性。