本发明公开了一种1，3-二卤代-2-丙氧基甲醇烷基羧酸酯的制备方法，1，3-二卤代-2-丙氧基甲醇烷基羧酸酯是合成抗病毒药物更昔洛韦的一个重要中间体。本发明以1，3-二卤代甘油为基础原料，与多聚甲醛和羧酸或羧酸酐在固体酸催化下，通过固定床反应技术，连续催化反应和连续精馏，解决了常规生产中催化剂一直存在于反应体系，形成过多副产物的问题，本发明大大提高了传统工艺的反应收率，彻底解决了酸性催化剂腐蚀设备的麻烦，降低了三废排放，是一条适合工业化大生产的清洁生产工艺。