本发明公开了一种用于南美白对虾养殖水的微生物净水剂及其制备方法。所述制备方法：将30-50重量份表面修饰C8和C18烷基链的磁性硅球加入到300-500重量份的水中；加入150-200重量份微生物试剂：红微菌50-80份、球形红杆菌50-80份、亚硝化单胞菌20-40份、亚硝化螺菌20-40份、施氏假单胞菌10-30份、浮游球衣菌20-40份、硫杆菌4-8份、辫硫菌4-8份、线虫50-80份、颤体虫50-80份、杜氏藻20-40份、小球藻20-40份；再加入70-90重量份牛肉膏蛋白胨琼脂培养基培养。将本发明的微生物净水剂，投入南美白对虾养殖池中，能达到净化养殖池水的目的。