本发明公开了一种改变金纳米棒长径比并且降低其细胞毒性的制备方法。该方法首先利用硼氢化钠还原氯金酸或氯金酸盐制备出金种溶液，再向含有硝酸银、氯金酸或氯金酸盐以及抗坏血酸的CTAB溶液中加入金种溶液，继续生长制备出CTAB保护的金纳米棒，再通过向其中加入非离子型含氟表面活性剂(FSN)，制备得到FSN功能化的金纳米棒，实现金纳米棒长径比的改变及细胞毒性的降低。FSN功能化的金纳米棒与CTAB保护的金纳米棒相比长径比明显变小且细胞毒性有所降低。因此FSN功能化的金纳米棒具有更好的生物活性，其在生物分析、药物输送、医学成像等领域有广阔的应用前景。