本发明公开了一种用于草虾养殖废水的微生物净水剂及其制备方法。所述制备方法：将30-50重量份表面修饰C8和C18烷基链的磁性硅球加入到300-500重量份的水中；加入150-200重量份微生物试剂：红微菌40-70份、球形红杆菌40-50份、亚硝化单胞菌20-40份、维氏硝化杆菌20-30份、施氏假单胞菌10-30份、纤发菌20-40份、硫杆菌4-5份、贝氏硫菌2-5份、线虫50-80份、颤体虫30-40份、杜氏藻20-40份、小球藻20-40份；再加入70-90重量份牛肉膏蛋白胨琼脂培养基培养。将本发明的微生物净水剂，投入草虾养殖池中，能达到净化养殖池水的目的。