本发明公开了一种用于中华鳖养殖水的微生物净水剂及其制备方法。所述制备方法：将20-40重量份表面修饰C8和C18烷基链的磁性硅球加入到200-400重量份的水中；加入80-100重量份微生物试剂：沼泽红假单胞菌50-70份、大颤蓝菌50-70份、亚硝化螺菌10-30份、亚硝化叶菌10-30份、脱氮硫杆菌10-20份、纤发菌10-20份、发硫菌1-3份、贝氏硫菌1-3份、草履虫30-70份、纤毛虫30-70份、扁藻20-40份、蓝藻20-40份；再加入40-60重量份牛肉膏蛋白胨琼脂培养基培养。将本发明的微生物净水剂，投入中华鳖养殖池中，能达到净化养殖池水的目的。