本发明涉及一种阵列式高通量微生物分离培养装置。揭示一种新型微生物分离培养装置，所述的装置可以实现实验室已培养和/或未培养微生物的高通量分离、培养，操作简化，且与现有实验室设备兼容性好。本发明的分离培养装置可以模拟自然环境对微生物进行原位培养，能高效分离难培养微生物(或称未培养微生物、不可培养微生物)。本发明的微生物分离培养装置可应用于从环境中分离培养难培养微生物；也可应用于研究微生物与微生物、微生物与环境因素、微生物与营养因子之间的相互作用关系；也可应用于微生物资源调查与研究、环境与生态关系、天然药物发现、生物技术研究等领域。