本发明涉及鱼类杂种的鉴定方法，具体涉及水产养殖鲇鱼杂种的RAG2分子标记RFLP鉴定方法。本发明以南方鲇、鲇及其杂交子代为研究对象，在鲇属鱼类中筛选设计了RAG2基因片段作为分子标记，应用RAG2基因片段的RFLP分析，成功鉴定了南方鲇、鲇及其杂交子代。具有实验快捷，操作简便，鉴定直观，无需测序的优点。