本发明涉及一种内切型硫酸软骨素/硫酸皮肤素4-O-硫酸酯酶及其编码基因与应用。本发明首次公开了内切型硫酸软骨素/硫酸皮肤素4-O-硫酸酯酶的氨基酸序列及其编码基因的核苷酸序列。经检测，该酶具有较高的内切型硫酸酯酶活性，对多糖的末端及内部的硫酸根均有脱去作用，可以有效地的作用于多糖，对多糖的内部结构进行修饰调节，可应用于制备修复脑神经损伤、调节新陈代谢以及治疗炎症和癌症药物中。