本发明属于药物化学技术领域，公开了一种阿托西班的纯化方法。本发明所述纯化方法以三价铁离子盐作为还原剂对阿托西班粗肽溶液进行处理，除去其中的未氧化完全的杂质，之后利用高效液相色谱法纯化阿托西班粗肽溶液，然后利用反相高效液相色谱将纯化制得的阿托西班高氯酸盐转盐制得阿托西班纯品。本发明所述纯化方法操作简单可行，制得的阿托西班纯品肽纯度高，同时本发明所述方法阿托西班纯品肽收率高，一批次可获得1000g以上的阿托西班纯品肽，足以满足产业化要求。